Если научное сообщество узнало что-то о SARS-CoV-2, коронавирусе, вызывающем заболевание COVID-19, так это то, что вирус мутирует и адаптируется, чтобы выжить, увеличивая свою инфекцию.
Его генетический код медленно менялся по мере того, как он передавался от человека к человеку по всему миру. Большую часть этого времени мутации не казались значительными с точки зрения опасности вируса. Некоторые из этих мутаций даже ослабляют вирус.
Однако появились варианты, заслуживающие внимания. Некоторые из них классифицируются как представляющие интерес, а другие вызывают озабоченность в связи с их большей передаемостью или возможность увеличения числа случаев, требующих госпитализации или снижения эффективности вакцин и лечения.
fromApiImage{«_id»:»VWEHVYAMWNDMBNATV644GN3D4Y»,»additional_properties»:{«fullSizeResizeUrl»:»/resizer/e6yMwub-nox3NxPds85WTHDkUBQ=/arc-anglerfish-arc2-prod-infobae/public/VWEHVYAMWNDMBNATV644GN3D4Y.jpg»,»galleries»:[],»ingestionMethod»:»manual»,»mime_type»:»image/jpeg»,»originalName»:»covid-19-variants2.jpg»,»originalUrl»:»https://cloudfront-us-east-1.images.arcpublishing.com/infobae/VWEHVYAMWNDMBNATV644GN3D4Y.jpg»,»owner»:»vroman@infobae.com»,»proxyUrl»:»/resizer/e6yMwub-nox3NxPds85WTHDkUBQ=/arc-anglerfish-arc2-prod-infobae/public/VWEHVYAMWNDMBNATV644GN3D4Y.jpg»,»published»:true,»resizeUrl»:»/new-resizer/e6yMwub-nox3NxPds85WTHDkUBQ=/arc-anglerfish-arc2-prod-infobae/public/VWEHVYAMWNDMBNATV644GN3D4Y.jpg»,»restricted»:false,»thumbnailResizeUrl»:»/new-resizer/KiREx0yqvTN6TczF-0GNHOZHvJs=/300×0/arc-anglerfish-arc2-prod-infobae/public/VWEHVYAMWNDMBNATV644GN3D4Y.jpg»,»version»:0,»template_id»:309,»_id»:»FDLC77VJBBCQRA5FANKVU2PJW4″,»comments»:[]},»address»:{},»alt_text»:»Во многих странах существуют лаборатории геномного надзора за коронавирусом, которые отслеживают его эволюцию»,»caption»:»En muchos países, hay laboratorio de vigilancia genómica del coronavirus que rastrean su evolución»,»created_date»:»2021-05-26T20:12:50Z»,»credits»:{«affiliation»:[]},»height»:710,»image_type»:»photograph»,»last_updated_date»:»2021-05-26T20:12:50Z»,»licensable»:false,»owner»:{«id»:»infobae»,»sponsored»:false},»source»:{«additional_properties»:{«editor»:»photo center»},»edit_url»:»https://infobae.arcpublishing.com/photo/VWEHVYAMWNDMBNATV644GN3D4Y»,»system»:»photo center»},»status»:»»,»subtitle»:»КОРОНАВИРУС И ГЕНОМИКА»,»taxonomy»:{«associated_tasks»:[]},»type»:»image»,»url»:»https://cloudfront-us-east-1.images.arcpublishing.com/infobae/VWEHVYAMWNDMBNATV644GN3D4Y.jpg»,»version»:»0.10.3″,»width»:1420,»syndication»:{«external_distribution»:false,»search»:false}}
Для обнаружения этих изменений были созданы международные платформы, которые позволяют обмениваться генетическими данными, обнаруженными о коронавирусе, для выявления новых вариантов, которые могут возникнуть.
Но несколько ученых недавно предупредили, что пробелы в данных генома могут затруднить поиск следующего варианта COVID. Секвенирование геномов SARS-CoV-2 помогло исследователям отслеживать развитие вируса, но многие страны не делятся всеми своими данными.
Согласно глобальному анализу геномного надзора , во многих странах, в которых геномы последовательности SARS-CoV-2 разделяют только часть из них в публичных хранилищах, а во многих последовательностях отсутствует важная информация. Но исследование также показало, что, несмотря на эти проблемы, страны стали быстрее обмениваться видеоматериалами во время пандемии.
fromApiImage{«_id»:»FH2URRHKBVFBXMSYHZMKGVGP64″,»additional_properties»:{«fullSizeResizeUrl»:»/resizer/vOJI6dan4rx9IyA7X1NemVYJkjQ=/arc-anglerfish-arc2-prod-infobae/public/FH2URRHKBVFBXMSYHZMKGVGP64.jpg»,»galleries»:[],»iptc_job_identifier»:»4517889″,»keywords»:[«»],»mime_type»:»image/jpeg»,»originalName»:»»,»originalUrl»:»https://cloudfront-us-east-1.images.arcpublishing.com/infobae/FH2URRHKBVFBXMSYHZMKGVGP64.jpg»,»proxyUrl»:»/resizer/vOJI6dan4rx9IyA7X1NemVYJkjQ=/arc-anglerfish-arc2-prod-infobae/public/FH2URRHKBVFBXMSYHZMKGVGP64.jpg»,»published»:true,»resizeUrl»:»/new-resizer/vOJI6dan4rx9IyA7X1NemVYJkjQ=/arc-anglerfish-arc2-prod-infobae/public/FH2URRHKBVFBXMSYHZMKGVGP64.jpg»,»restricted»:false,»takenOn»:»2021-04-13T00:00:00Z»,»thumbnailResizeUrl»:»/new-resizer/8mmPOerDlT7zgRUhohtWu23q2KQ=/300×0/arc-anglerfish-arc2-prod-infobae/public/FH2URRHKBVFBXMSYHZMKGVGP64.jpg»,»version»:0,»_id»:»4TW3WNC2B5DTZHNJBZQN7MXKYA»,»comments»:[]},»address»:{«locality»:»Tegucigalpa»},»caption»:»A los investigadores les preocupa que las brechas en los datos puedan dificultar la detección de la próxima variante preocupante de COVID-19. (EFE/ Gustavo Amador/Archivo)\n»,»created_date»:»2021-04-21T19:05:05Z»,»credits»:{«by»:[{«name»:»EFEI0342″,»type»:»author»}]},»height»:2368,»last_updated_date»:»2021-04-21T19:05:05Z»,»licensable»:false,»owner»:{«id»:»infobae»},»slug»:»CORONAVIRUS HONDURAS»,»source»:{«additional_properties»:{«editor»:»photo center»},»edit_url»:»https://infobae.arcpublishing.com/photo/FH2URRHKBVFBXMSYHZMKGVGP64″,»system»:»photo center»},»subtitle»:»Гондурас выпустил первые реагенты для выявления вариантов covid-19″,»taxonomy»:{«associated_tasks»:[]},»type»:»image»,»url»:»https://cloudfront-us-east-1.images.arcpublishing.com/infobae/FH2URRHKBVFBXMSYHZMKGVGP64.jpg»,»version»:»0.10.3″,»width»:3552}
Открытый обмен данными секвенирования генома из образцов SARS-CoV-2 позволил исследователям отслеживать развитие вируса и стал отличительной чертой пандемии. Но исследователи обеспокоены тем, что пробелы в данных могут затруднить обнаружение следующего тревожного варианта COVID-19 и помешать усилиям по быстрому реагированию на него.
В исследовании, опубликованном на этой неделе в журнале Nature Genetics, исследователи собрали геномные данные, загруженные в общедоступные репозитории, включая GISAID, в период с начала пандемии до 31 октября 2021 года, включая примерно 4,9 миллиона геномов из 169 стран.
Они сравнили эти последовательности с официальными отчетами отдельных стран и обнаружили, что из 62 стран, представивших эти данные, в 23 (более трети) увеличилось менее чем на 50% их последовательностей интересующих вариантов альфа, бета, гамма и дельта. Около четверти стран загрузили менее 25% своих последовательностей.
«Отсутствие обмена — глобальная проблема. Дело не только в богатой или бедной стране», — говорит соавтор Эндрю Азман, эпидемиолог инфекционных заболеваний Университета Джонса Хопкинса в Балтиморе, штат Мэриленд.
Наказать прозрачность
fromApiImage{«_id»:»V4J5GY6XERCGNBJCSJLMKYZVPQ»,»additional_properties»:{«fullSizeResizeUrl»:»/resizer/SFdVDyNao32s4m7odSL6MRQQ79Q=/arc-anglerfish-arc2-prod-infobae/public/V4J5GY6XERCGNBJCSJLMKYZVPQ.jpg»,»galleries»:[],»iptc_job_identifier»:»CM4205″,»iptc_source»:»EFE/EFE»,»keywords»:[«analíticas»,»análisis de aguas residuales para determinar la presencia de restos genómicos del virus»,»guantes»,»laboratorio de global omnium»,»manos»,»mascarilla»,»mujer»,»trabajando»,»tubos de ensayo – crisis/pandemia coronavirus – covid 19 en españa»],»mime_type»:»image/jpeg»,»originalName»:»»,»originalUrl»:»https://cloudfront-us-east-1.images.arcpublishing.com/infobae/V4J5GY6XERCGNBJCSJLMKYZVPQ.jpg»,»proxyUrl»:»/resizer/SFdVDyNao32s4m7odSL6MRQQ79Q=/arc-anglerfish-arc2-prod-infobae/public/V4J5GY6XERCGNBJCSJLMKYZVPQ.jpg»,»published»:true,»resizeUrl»:»/new-resizer/SFdVDyNao32s4m7odSL6MRQQ79Q=/arc-anglerfish-arc2-prod-infobae/public/V4J5GY6XERCGNBJCSJLMKYZVPQ.jpg»,»restricted»:false,»takenOn»:»2020-07-10T14:00:00Z»,»thumbnailResizeUrl»:»/new-resizer/LKry99_pSr5cCIuD4J69Q07_TRE=/300×0/arc-anglerfish-arc2-prod-infobae/public/V4J5GY6XERCGNBJCSJLMKYZVPQ.jpg»,»version»:0,»_id»:»QFMQ2HFP4VBQDKUK5KJUFDYM4E»,»comments»:[]},»address»:{«locality»:»Madrid»,»region»:»Comunidad de Madrid»},»caption»:»Analisis de muestras de SARS-COV2 en un laboratorio (EFE/Kai)\n»,»created_date»:»2020-08-27T09:55:04Z»,»credits»:{«affiliation»:[{«name»:»EFE»,»type»:»author»}],»by»:[{«name»:»Kai Försterling»,»type»:»author»}]},»height»:2964,»last_updated_date»:»2020-08-27T09:55:04Z»,»licensable»:false,»owner»:{«id»:»infobae»},»slug»:»CORONAVIRUS REINFECCIÓN»,»source»:{«additional_properties»:{«editor»:»photo center»},»edit_url»:»https://infobae.arcpublishing.com/photo/V4J5GY6XERCGNBJCSJLMKYZVPQ»,»system»:»photo center»},»subtitle»:»Реинфекция коронавирусом: несколько случаев, подтверждающих потерю иммунитета»,»taxonomy»:{«associated_tasks»:[]},»type»:»image»,»url»:»https://cloudfront-us-east-1.images.arcpublishing.com/infobae/V4J5GY6XERCGNBJCSJLMKYZVPQ.jpg»,»version»:»0.10.3″,»width»:4680}
Авторы предлагают несколько причин, по которым некоторые страны могут не делиться всеми своими потоками в публичных репозиториях. «Некоторые образцы, возможно, вообще не были секвенированы, потому что есть способы идентифицировать вызывающие беспокойство варианты без секвенирования всего генома», — говорит Азман. «И в зависимости от технологии секвенирования, которую использовали исследователи, некоторые образцы, вероятно, были недостаточно качественными для загрузки», — говорит Синтия Салома, молекулярный биолог из Дилиманского университета Филиппин в Кесон-Сити.
Но некоторые из неразделенных последовательностей, вероятно, будут сохранены по политическим причинам, включая последствия того, что она стала первой страной, сообщившей о новом варианте беспокойства. «Большинство стран, которые делятся такими данными, как правило, страдают от этого», — говорит Ннаемека Ндодо, молекулярный биоинженер из Нигерийского центра по контролю за заболеваниями в Абудже. Например, когда исследователи из Южной Африки и Ботсваны предупредили мир о варианте Омикрон в ноябре прошлого года, большое количество стран ответили закрытием своих границ с регионом.
В некоторых странах правительства должны проверить и утвердить последовательности, прежде чем загружать их. По словам Малавиге, правительства стран, зависящих от туризма, «могут попросить свои лаборатории не делиться данными из-за того, какое влияние они окажут». Но Азман утверждает, что обмен данными — это только часть истории. Некоторые страны разделяют большую долю своих образцов, но они секвенировали только горстку геномов, говорит он.
Исследователи обнаружили, что 87 стран регулярно секвенировали образцы, но 31 – нет, и команда не смогла найти информацию о стратегиях геномного эпиднадзора для других 76. Во всем мире не более 4,5% подтвержденных случаев COVID-19 были секвенированы каждую неделю с сентября 2020 года, с большими расхождениями между регионами: от 3,4% геномов, секвенированных в Европе в течение периода исследования, до 0,1% в Восточном Средиземноморье. В некоторых странах, включая Норвегию, Соединенное Королевство и Канаду, секвенировали не менее 10% совокупных случаев заболевания.
fromApiImage{«_id»:»AYYWK6EFMDP5YQPNUOMOD6573Q»,»additional_properties»:{«countryId»:227,»fullSizeResizeUrl»:»/resizer/9VZCGTMFuSJHlL7zwjXyfEivFJo=/arc-anglerfish-arc2-prod-infobae/public/AYYWK6EFMDP5YQPNUOMOD6573Q.jpg»,»galleries»:[],»iptc_job_identifier»:»FW1″,»iptc_source»:»X03047″,»keywords»:[«»],»mime_type»:»image/jpeg»,»originalName»:»http://content.reuters.com/auth-server/content/2020:newsml_RC2L7I94PS7I:1895154444/2020:binary_RC2L7I94PS7I-BASEIMAGE?token=JDMIqhhL6GvUGrYOtDaIQSiuBjjWda3781kIX5wuiTI=»,»originalUrl»:»https://cloudfront-us-east-1.images.arcpublishing.com/infobae/AYYWK6EFMDP5YQPNUOMOD6573Q.jpg»,»proxyUrl»:»/resizer/9VZCGTMFuSJHlL7zwjXyfEivFJo=/arc-anglerfish-arc2-prod-infobae/public/AYYWK6EFMDP5YQPNUOMOD6573Q.jpg»,»published»:true,»resizeUrl»:»/new-resizer/9VZCGTMFuSJHlL7zwjXyfEivFJo=/arc-anglerfish-arc2-prod-infobae/public/AYYWK6EFMDP5YQPNUOMOD6573Q.jpg»,»restricted»:false,»takenOn»:»2020-08-05T09:57:34Z»,»thumbnailResizeUrl»:»/new-resizer/5y252wwmYhB0zxxJ4kWOTy4UgeA=/300×0/arc-anglerfish-arc2-prod-infobae/public/AYYWK6EFMDP5YQPNUOMOD6573Q.jpg»,»usage_instructions»:»NARCH/NARCH30″,»version»:1,»_id»:»CBNZ36LDARFB7LYQEB3LIWBAYM»,»comments»:[]},»address»:{«locality»:»LA JOLLA»,»region»:»CALIFORNIA»,»country_name»:»USA»},»caption»:»Las máquinas de secuenciación genética son importantes para aumentar la trazabilidad de las muestras (REUTERS/Sam Hodgson/File Photo)»,»created_date»:»2020-08-05T09:59:35Z»,»credits»:{«affiliation»:[{«name»:»REUTERS»,»type»:»author»}],»by»:[{«name»:»Sam Hodgson»,»type»:»author»}]},»distributor»:{«category»:»wires»,»mode»:»custom»,»name»:»Reuters»},»height»:2333,»last_updated_date»:»2020-08-05T09:59:35Z»,»licensable»:false,»owner»:{«id»:»infobae»},»slug»:»HEALTH-CORONAVIRUS/BGI»,»source»:{«name»:»REUTERS»,»source_type»:»wires»,»additional_properties»:{«editor»:»photo center»},»system»:»arc i/o»},»subtitle»:»ФАЙЛ ФОТО: Чинталапати, консультант по внутренним продажам компании Illumina, демонстрирует, как работает их настольный аппарат для секвенирования ДНК Miseq в Ла-Хойе»,»taxonomy»:{«associated_tasks»:[]},»type»:»image»,»url»:»https://cloudfront-us-east-1.images.arcpublishing.com/infobae/AYYWK6EFMDP5YQPNUOMOD6573Q.jpg»,»version»:»0.10.3″,»width»:3500}
Данные о данных
В исследовании также оценивалось качество метаданных, загруженных в GISAID 169 странами. Было установлено, что 63% последовательностей не включали информацию о возрасте и поле человека, у которого были взяты образцы, а более 95% не имели клинической информации, такой как тяжесть симптомов и статус вакцинации инфицированного человека. Страны с более высоким уровнем дохода обычно предоставляют меньше метаданных, чем регионы с низким уровнем дохода.
По словам исследователей, метаданные особенно важны при появлении нового варианта, для оценки того, кто подвергается наибольшему риску, насколько хорошо будут работать существующие вакцины и лекарства и условия, которые могли привести к их появлению.
Опять же, может быть много причин для пробелов в информации, таких как опасения по поводу конфиденциальности данных и тот факт, что сбор метаданных не успевает за последовательностью выборок. Иногда в образце могут отсутствовать метаданные, но они поступают из отдаленной провинции, поэтому слишком ценно не делиться ими, говорит Нино Сусанто, биоинженер, которая руководит лабораторией тестирования на COVID-19 GSI Lab в Джакарте.
Несмотря на проблемы с обменом данными, исследование также показало, что страны стали быстрее обмениваться последовательностями во время пандемии. В 2020 году исследователям в большинстве стран потребовалось в среднем почти три месяца, чтобы собрать, упорядочить и загрузить геномные данные в общедоступные репозитории (см. Ускорение). Однако это было сокращено до 20 дней, когда в 2021 году появился вариант Delta.
ПРОДОЛЖАЙТЕ ЧИТАТЬ:
Психический туман после COVID похож на туман людей с болезнью Альцгеймера, говорится в исследовании
ВОЗ заявила, что вариант коронавируса Омикрон представляет очень высокий риск для мира
COVID-19: новый вариант, обнаруженный в Южной Африке, показывает «большой скачок в эволюции» вируса
